Perioada de incubaţie în infecţia citomegalică este de 20-60 zile, forma acută a bolii (transmisă pe cale sexuală sau prin hemotransfuzii) decurge ca un proces localizat, mai des
asemănător cu gripa sau mononucleoză infecţioasă.  Tabloul clinic și severitatea CMV este
determinat de starea sistemului imunitar, fapt care o face asemănătoare cu virusul herpesului și cu Virusul Imunodeficienței Umane (HIV/SIDA). Pentru o persoană sănătoasă, virusul CMG nu prezintă un pericol serios, dar în cazuri de imunodeficienţă cu geneza diferită, are loc generalizarea infecţiei în toate ţesuturile şi organele, inclusiv şi a sistemului nervos central. Aceasta se manifestă foarte pronunțat în forma terminală a infecției cu virusul imunodeficienţei umane (HIV/ SIDA).

Forma generalizată de citomegalie la pacienții cu HIV/SIDA, decurge foarte grav, începe cu febră nemotivată, oboseală, epuizare, transpirații nocturne, dureri în articulații. Tot mai frecvent apar stări de viroză, uneori tuse seacă, dispnee. Ea decurge foarte grav cu afectarea plămînilor, rinichilor, tractului digestiv, inclusiv şi a ficatului și sistemului nervos central. Simptome similare se manifestă  la persoanele imunonecompetente, după acțiunea medicamentelor citostatice, dupătransplant de organe.

CMV este o importantă problemă de sănătate la femeile însărcinate ( în stări de imunodepresie avansată),  fiind cauza frecvenţei sporite a infecţiilor congenitale,  situîndu-se pe primul loc în inducerea de malformaţii. Forma acută congenitală de citomegalie, la
infectarea mamei în termenii timpurii de gravitate, duce la moartea embrionului
şi avortarea lui. În termenii mai tardivi ai sarcinii afectarea fătului se exprimă prin dezvoltarea sindromului hemoragic cu hemoragii masive în dermă, aproape în toate organele interne, inclusiv şi în creier. Se dezvoltă hepatită gravă şi  anemie hemolitică, afectări cerebrale.